

Bộ phim xoay quanh cuộc chiến chống lại sự xâm lược của sinh vật khổng lồ "Angel". Chuyện bắt đầu vào năm 2015, khi thế giới đã bị phá hủy bởi một sinh vật gọi là Adam, lúc này Ikari Shinji đến một thành phố và đã gặp một Angel đang phá hủy nó. Shinji đã được một cô gái trong tổ chức đưa xuống nơi đang chế tạo một robot có tên "Eva" để chiến đấu chống lại Angel...

Sau các đợt tấn công không dứt của Angel, NERV quyết định tiếp nhận thêm hai phi công mới đến hỗ trợ cho chiến dịch là Asuka Langley Shikinami, một cô bé mạnh mẽ đầy cá tính, và Makinami Mari Illustrous, một nữ phi công bí ẩn từng lập chiến công tiêu diệt hài cốt tái sinh của Angel thứ ba, Shamshel. Cùng với sự hỗ trợ của Asuka, công cuộc chống chọi các Angel trở nên nhẹ nhàng hơn và Ikari Shinji cũng đã bắt đầu quen dần với cuộc sống và mở lòng với mọi người. Để rồi một biến cố kinh hoàng xảy đến...

Được cứu thoát khỏi thân thể Unit-01, cuối cùng Ikari Shinji đã tỉnh dậy nhưng không hề hay biết chuyện gì đã xảy ra đối với mình và với cả thế giới sau Chấn Động Thứ Ba. Mọi thứ trở nên xa lạ với cậu và những người cậu từng thân quen đã đổi khác và xem cậu như tội phạm chiến tranh. Shinji quyết định đi tìm câu giải đáp cho những gì đang diễn ra và bảo đảm rằng Ayanami Rei cũng đã được cứu khỏi Unit-01. Tuy nhiên tất cả lại tiếp tục trở nên khó hiểu hơn nữa khi Shinji bị cấm lái Eva và nơi cậu đang ở không còn là Trụ sở NERV...

Sau nỗ lực thất bại của NERV trong việc lấy lại Ngọn giáo Longinus và thực hiện Dự án Công cụ Con người, sự hủy diệt do Tác động lần thứ tư gây ra phần lớn đã được ngăn chặn. Trong tình trạng hỗn loạn, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami và Rei Ayanami đến Làng 3 một khu định cư của những người sống sót thoát khỏi sự tàn phá của Trái đất. Ở đó, Shinji dần đối mặt với quá khứ của mình, phát triển một cuộc sống hoàn toàn khác so với những ngày còn là phi công của Evangelion. Trong khi đó, NERV chuẩn bị để tiếp tục Dự án Công cụ bằng một Tác động mới. Khi chiến hạm trên không chính của WILLE đến làng, Shinji quyết định lên tàu, tin rằng anh ấy có thể giúp đỡ bằng cách lái một Evangelion. Khi những bí mật mới được khám phá và trận chiến giữa WILLE và NERV đến gần, tương lai của Trái đất bị treo lơ lửng. Shinji có thể cứu nhân loại và phần còn lại của thế giới lần cuối không?